A Embrapa tem realizado esforços para a criação e manutenção de coleções de microrganismos de interesse do agronegócio, alocando recursos humanos especializados e infraestrutura adequada. Nesse contexto, a Embrapa possui diversas coleções de culturas setorizadas, como:
• Microrganismos multifuncionais – incluindo diversas coleções de microrganismos promotores do crescimento de plantas, fungos micorrízicos e microrganismos de importância ambiental.
• Microrganismos para biocontrole – bactérias, fungos e vírus de invertebrados utilizados para o controle biológico de pragas e doenças.
• Microrganismos fitopatogênicos – incluindo os de importância quarentenária e os fitopatógenos de culturas de importância econômica, como arroz, feijão, milho, sorgo, hortaliças e outras plantas.
• Microrganismos de interesse para a agroindústria e a produção animal – microrganismos relacionados ao agronegócio do leite, da agroindústria, de caprinos e ovinos, da suinocultura, da avicultura, da agroenergia e da indústria de alimentos.
• Microrganismos de interesse agroindustrial – é uma coleção institucional composta de leveduras e fungos filamentosos patogênicos relacionados, especialmente, com vinho e
videira, respectivamente.