Desde 2009, o Enem é composto por quatro provas objetivas, com 45 questões cada, e uma redação. As provas são estruturadas em quatro matrizes de referência, uma para cada área de conhecimento. Há um caderno de questões para cada dia de aplicação. Entre 1998 e 2008 as provas eram estruturadas a partir de uma matriz de 21 habilidades, cada uma delas avaliada por três questões. Assim, a parte objetiva era composta por uma redação e 63 itens interdisciplinares, em um único caderno.
