A endogamia é o resultado do acasalamento de indivíduos aparentados em razão do reduzido número de ancestrais ou do uso contínuo de poucos reprodutores. É expressa pelo coeficiente de endogamia (F), que mede a probabilidade de dois alelos no mesmo loco serem idênticos se escolhidos ao acaso em consequência da ascendência. O coeficiente de endogamia varia de zero, em indivíduos exogâmicos, a um, em indivíduos completamente endogâmicos. Em uma população, ela é prejudicial por causa do aumento da homozigosidade com a possível expressão de características não desejáveis para produção. Segundo a Organização das Nações Unidas para a Alimentação e a Agricultura (FAO), uma população está susceptível quando a taxa de endogamia for superior a 1%.