Essa classificação se refere ao tipo de célula dos microrganismos. Procariotos são microrganismos com menor grau de evolução, porque não possuem núcleo organizado; as demais estruturas celulares são simples, por exemplo, bactérias. Os eucariotos apresentam uma membrana envolvendo o núcleo celular, chamada carioteca, mantendo-o organizado, e as estruturas celulares são mais complexas, como algas, fungos e protozoários.