Caracterização é um conjunto de estudos específicos com isolados microbianos, visando entender sua morfologia, genética e fisiologia. Sua importância reside no conhecimento das características particulares do isolado, não só para definir sua taxonomia, mas também para determinar o seu potencial de uso. Assim, a existência de um banco de caracteres é fundamental para a exploração socioeconômica da coleção microbiana. A caracterização pode ser feita inicialmente usando princípios da taxonomia clássica, com base em estudos bioquímicos e/ou fisiológicos e microscópicos. Entretanto, o emprego de técnicas moleculares é cada vez mais exigido. Amplificações e sequenciamento direto do DNA ribossomal (rDNA) foram algumas das primeiras aplicações de PCR na taxonomia. Genes do rDNA têm regiões conservadas e variáveis, ITS1 e ITS2 (Internal Transcribed Spacer), as quais são utilizadas para o estudo de grupos taxonômicos relacionados. Primers universais e específicos têm se mostrado eficazes, pois permitem que essas regiões ITS sejam amplificadas, usando as sequências conservadas de rDNA. Com o auxílio de programas de computador, a partir dos dados de PCR, é possível identificar espécies inequivocamente, embora algumas compartilhem sequências ITS1 e ITS2 idênticas, sendo, portanto, indistinguíveis por esse método. Porém, essa tecnologia tem evoluído muito, e novos programas estão sendo desenvolvidos, assim como novos marcadores podem ser introduzidos para resolver as dúvidas taxonômicas que ainda perdurem. As técnicas “ômicas” também são cada vez mais utilizadas para desvendar funções gênicas e rotas metabólicas. Créditso Embrapa.