Os principais marcadores moleculares usados na caracterização e avaliação de germoplasma são os marcadores codominantes como microssatélites (SSR) e polimorfismos de base única (SNP). Eles substituíram amplamente os marcadores dominantes mais antigos, como polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD), em razão da sua relativa abundância genômica e da alta reprodutibilidade de dados. Por exemplo, hoje existem ferramentas que permitem genotipar 700 mil marcadores de uma só vez em um bovino ou uma planta cultivada, como arroz ou soja. Além disso, os avanços na técnica de sequenciamento de nova geração do DNA e a consequente redução nos custos resultaram no uso crescente de ensaios baseados em sequenciamento na avaliação de germoplasma. Essas novas tecnologias têm alterado significativamente a eficiência da conservação e o melhoramento genético com a implementação da chamada seleção genômica. Créditos Embrapa.