Vários tipos de marcadores podem ser utilizados de forma eficiente para a caracterização molecular de uma coleção. O melhor marcador a ser utilizado depende diretamente da resposta que se deseja obter. Para simples estimativa de variabilidade, os marcadores dominantes e universais podem ser úteis, como RAPD, ISSR e AFLP, por exemplo. Para estudos mais informativos, que podem ajudar na estimativa de diversidade genética, identificação de duplicatas, realização de estudos de GAP analysis e determinação do sistema reprodutivo, tanto SSR quanto SNP são marcadores altamente eficientes. Os SNPs apresentam vantagem caso se deseje associar os marcadores a características de interesse, pois são mais abundantes e permitem análises mais robustas.