Em geral, a identificação de cada grupo de microrganismos requer uma série de análises específicas. Atualmente, a identificação dos microrganismos é feita pela análise dos genes mais conservados, os ribossomais, como o 16S RNAr para procariotos e o 18S RNAr e a região intergênica entre o 5S RNAr e o 18S RNAr, em eucariotos.
Outros genes conservados, que codificam proteínas essenciais para os microrganismos, são usados de modo complementar, e, com o avanço nos equipamentos de sequenciamento, genomas inteiros podem ser obtidos com maior facilidade, permitindo a identificação precisa de um número crescente de microrganismos. Outras técnicas baseadas em cromatografia e espectrometria também podem ser usadas para tipificação de microrganismos com base na composição de ácidos graxos e proteínas celulares. Alguns vírus são identificados com base em estruturas típicas observadas por microscopia ótica, como os corpos de oclusão de forma poliédrica (altamente refráteis), porém a maioria requer análises por microscopia eletrônica de estruturas específicas em partículas purificadas de vírus. Para uma melhor identificação desses agentes infecciosos, frequentemente têm sido utilizadas análises moleculares a partir de DNA das partículas virais. Vale lembrar que cada grupo microbiano tem suas peculiaridades, e especialistas internacionais que atuam com cada grupo estabelecem os critérios mínimos para a taxonomia e sistemática. A partir da década de 1980, a taxonomia polifásica, que engloba desde dados fenotípicos até os baseados no DNA, passou a ser utilizada para a definição de espécies microbianas, e, mais recentemente, observa-se uma prevalência da chamada taxonomia molecular ou taxonomia genômica, que se baseia em informações dos genomas dos microrganismos (Lajudie et al., 2019). Créditos Embrapa.