As atividades de coleta e isolamento são específicas para cada grupo de microrganismo. A coleta dos microrganismos sempre deve obedecer à legislação vigente e, no caso de obtenção a partir de tecido animal, seguir também os procedimentos de bioética. Nos exemplares de Manual de curadores de germoplasma – microrganismos (Castro et al., 2011), já citados, estão detalhados procedimentos para coleta e avaliação dos principais grupos de microrganismos de importância para o agronegócio. Bactérias fixadoras de nitrogênio podem ser isoladas a partir de nódulos de leguminosas hospedeiras e fungos micorrízicos, a partir de plantas com boa nutrição de fósforo. Microrganismos patogênicos, em geral, são isolados de animais com sintomas clínicos de doenças, de plantas exibindo sintomas, de solos infestados e de sementes infestadas e/ou infectadas. Os agentes de biocontrole de doenças de plantas são comumente encontrados em amostras de tecidos vegetais, colonizando-os externa ou internamente (endofíticos), sem causar qualquer sintoma. Também podem ser obtidos de amostras de solo, principalmente da rizosfera, de partes vegetais em decomposição ou, ainda, de sementes. Vírus de invertebrados são coletados de insetos mortos ou vivos com sinais de infecção, enquanto os patógenos de vertebrados são obtidos por necrópsia ou swab de animais infectados. Muitos microrganismos são isolados sob as mais diversas condições edafoclimáticas, como a Antártida, a Caatinga, a Amazônia, o Cerrado, a Mata Atlântica, entre outros. Créditos Embrapa.