As coletas podem ser dirigidas para a busca de amostras colonizadas com os fungos de interesse em seus habitats ou nichos específicos. Amostras devem conter todas as partes atacadas e em diferentes fases de colonização. Para fungos de invertebrados, as amostras podem ser indivíduos mortos ou moribundos que apresentem sinais de patógenos ou parte representativa da população de um hospedeiro. Nesse segundo caso, a colônia coletada deve ser mantida sob quarentena para posterior identificação de indivíduos mortos e possivelmente infectados. Também podem ser encontradas estruturas de patógenos dispersas no ambiente, especialmente em amostras de solo, água ou planta. Amostras de solo, rizosférico ou não rizosférico, cultivado ou não, deverão conter aproximadamente 1 kg (solo e raízes misturadas, quando for o caso). As amostras devem ser fechadas em sacos plásticos ou de papel, etiquetadas com as informações básicas e, então, enviadas ao laboratório. As informações deverão constar pelo menos de nome do coletor, data, espécie de planta (quando se tratar de amostra vegetal) ou cultura (quando de solo cultivado) e coordenadas geográficas. A partir da mistura de várias amostras de solo de um mesmo talhão, poderão ser obtidas amostras compostas, se for conveniente. Para transporte, recomenda-se o uso de caixas de isopor vedadas. O processamento das amostras no local de destino deve ocorrer no menor período de tempo possível, variando de um dia a uma semana, a depender do tipo de substrato explorado, e, nesse intervalo, as amostras devem ser mantidas em câmara fria Créditos Embrapa.