Inicialmente é preciso ter consciência de que muitos microrganismos podem ser patogênicos ao ser humano, o que exige um conhecimento razoável acerca do grupo microbiano que se tenha interesse. Além disso, ao processo de isolamento, devem-se atrelar técnicas que visem direcionar a coleta para a obtenção de microrganismos específicos e de interesse. Por exemplo, se o interesse for isolar linhagens de levedura, e não se deseja bactérias nem fungos filamentosos, o meio de cultura usado no isolamento e as condições de cultivo devem contemplar essas exigências. Para coletar recursos genéticos microbianos, existem regras legais, especialmente se forem áreas públicas. Para desenvolver pesquisas, existem, da mesma forma, exigências legais específicas que os pesquisadores precisam seguir. Em especial, atualmente vigora a Lei nº 13.123, de 20 de maio de 2015 (Brasil, 2015), em substituição à Medida Provisória nº 2.186, de 23 de agosto de 2001, que precisa ser cumprida.