É o conjunto de acessos correspondendo de 70% a 80% da variabilidade genética de um táxon ou de determinada característica de interesse científico que é organizado com aproximadamente de 10% a 15% do total de acessos do banco ativo de germoplasma, visando concentrar as atividades de caracterização e avaliação.
Assim, é possível formar uma base de informação mais completa sobre os acessos que compõem a coleção núcleo e, logo, favorecer a ampliação do uso do banco de germoplasma.