A caracterização molecular, com marcadores codominantes de espécies diploides, é bastante simples, pois estes se comportam de forma mendeliana. Entretanto, quando a espécie é poliploide, as análises tornam-se mais complicadas, pois a estimativa das frequências alélicas torna-se inviável. Por exemplo, no caso de espécie diploide, sabe-se que o indivíduo A tem duas vezes o alelo A; o AB tem uma vez o alelo A e uma vez o alelo B; e o indivíduo B tem duas vezes o alelo B. No caso de uma espécie tetraploide, cujo genótipo de um indivíduo num determinado loco seja A, sabemos que ele tem o alelo A quatro vezes. O mesmo acontece com o genótipo B, que terá o alelo B quatro vezes. Entretanto, no caso de o indivíduo apresentar genótipo AB, não se sabe quantas vezes cada alelo ocorre. Os genótipos possíveis seriam: AAAB, AABB ou ABBB. E, caso o indivíduo tetraploide apresentasse genótipo ABC, as possíveis combinações seriam: AABC, ABBC ou ABCC. Créditos Embrapa.