O número ideal de marcadores a serem utilizados varia de acordo com o nível de polimorfismo do marcador, da amostragem e da pergunta que se deseja responder ou da análise que se deseja fazer com essa caracterização. Geralmente, quanto mais polimórfico o marcador, menor a quantidade necessária para se obter os dados desejados. Por exemplo, em estudos de diversidade genética, a Organização das Nações Unidas para a Alimentação e a Agricultura (FAO) sugere de 25 a 50 indivíduos por população analisada, utilizando de 20 a 30 marcadores microssatélites. Com a redução de custo dos marcadores SNP, esse número vai aumentar, mas não será maior do que algumas dezenas de milhares. Para estudos de associação e seleção genômica, são necessários centenas de milhares de marcadores SNP.