Da mesma forma descrita para a conservação ex situ, o melhor marcador a ser utilizado para subsidiar a conservação in situ depende da pergunta que se quer responder. Independentemente do marcador, é fundamental estimar a diversidade interpopulacional, de modo que seja possível determinar populações prioritárias para conservação, pools gênicos únicos, populações sob maior risco e áreas prioritárias para coleta de germoplasma, para a realização da conservação ex situ de forma complementar. Pode-se dizer que os marcadores codominantes como SSR e SNP geram mais dados capazes de subsidiar essas decisões.