Os principais mecanismos envolvidos na supressão de fitopatógenos incluem a produção de compostos antimicro competição por substrato e indução da resistência sistêmica da planta, entre outros. Na forma ativa, a inibição pode ocorrer de três maneiras:
• O antagonista produz substâncias tóxicas e libera para o meio, como antibióticos e enzimas extracelulares, que impedem o crescimento do fitopatógeno. Por exemplo, a produção de cianeto de hidrogênio (HCN) e/ou enzimas de degradação de parede celular, quitinase e ß-1,3-glucanase.
• O patógeno entra em contato com o microrganismo antagônico e sofre plasmólise.
• Por meio do parasitismo, quando um microrganismo ataca o outro e obtém nutrientes das células vivas. Na forma passiva, a inibição ocorre pela competição entre os dois microrganismos por espaço e nutrientes essenciais a ambos, por exemplo, a produção de sideróforos.